Saludos:
Lo mismo me sucedió hace unos meses cuando intentaba virtualizar Centos 6.4x64 con PROXMOX 3.1, utilizando un ISO, solo me dejaba crear 2 particiones primarias, porque me decía que no tenía espacio suficiente para crear mas particiones, solo me permitió crear 2 particiones primarias /home/var/ y la swap.
Pero resolví luego con un template utilizando la opción de Contenedor.
Saludos