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Creo que estás preguntando como se hace en Ubuntu...mal lugar para tu pregunta. Mejor ve a una lista de Ubuntu donde seguro hallarás mucha más experiencia.
Disculpa. Es verdad que se me fue la mano aquí con el cliente :D, pero lo que tengo en mi servidor en un CentOS 5.1 que pincha OK. En él yo tengo el FDS integrado con Samba. El problema son los clientes.
Y estás de cosas totalmente distintas para necesidades diferentes.
Samba es necesario para hablar "idioma Windows" contra PCs que corren ese sistema, ese "idioma" son muchas cosas, las mas usuales: compartir archivos, compartir impresoras y autentificación.
Sí, te entiendo.
PAM es el sistema de autenticación que se usa en Linux, en realidad. Existen módulos PAM que se autentican contra/usando diferentes cosas por ejemplo: /etc/passwd/shadow, NIS, LDAP, Kerberos, Samba, Winbind (a su vez este pide a un servidor ADS).
Deberías buscar por pam_smb para que la autenticación de Linux mediante PAM se haga contra un servidor Samba (SMB).
Eso es lo que no encontraba para Ubuntu, y he leído varios foros, y lo que recomiendan es usar NFS para la compartimentación de recursos.