Hola:
instalar los paquetes apache, php y mysql de la distro o es mejor bajar las fuentes de las respectivas web oficiales y compilarlas
Existe cualquier cantidad de distros de linux. CentOS es solo una de ellas. Cada una tiene algo que la distingue del resto. La facilidad para instalar paquetes desde fuentes (y mantener el servidor) no es uno de los fuertes de CentOS. Como toda distribucion basada en rpm, puedes crear tu propio repositorio y mantenerlo. Pero como mencionaba Ernesto, tienes que vivir pendiente de cuanta actualizacion o parche salga para actualizar tus equipos.
Si estamos hablando de una distro que muchos utilizamos porque tenemos garantizado soporte por 7 años, te das cuenta que se busca estabilidad a largo plazo por encima de otras funcionalidades.
Si tienes que compilar un paquete (siempre para crear la rpm e instalarlo desde ahi) ok, suele suceder, pero si tienes que hacerlo con mas de tres paquetes, te sugeriria cambiar de distro por otra que tenga los paquetes mas actualizados o con mas opciones compiladas.
Si quieres un sistema compilado desde cero todo el tiempo, Gentoo pudiera ser una buena opcion.
En mi opinion, es completamente posible trabajar paquetes compilados desde fuente en CentOS, pero resulta poco practico a largo plazo. No olvides lo que significa la parte "ent" en CentOS.
y la otra consulta es como actualizar sistemas que estan instalados desde las fuentes..
Si lo instalastes desde las rpm que creastes, seria crear una nueva rpm y actualizar el paquete. Sino, leer la documentacion del paquete y ver como se actualiza.
Saludos Osvaldo