Desconosco que SAMBA pueda autenticar a traves de mysql, sin embargo, la recomendacion de facto es el uso de LDAP, para autenticación (escribes pocas veces, pero consultas muchas) esa caracteristicas de la BD es ocupada por todos los servicios de directorio (microsoft, novell, ibm, etc). Las aplicaciones deberian conversar con LDAP en vez de mysql para autenticar usuarios, talvez una solución de single sign on es lo que buscas.
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Santiago - Chile