Pues tratar de comprender el problema. Reinstalar, en un mundo completamente racional, no es de mucha ayuda :) Ya quisiéramos solucionar nuestra vida naciendo de nuevo...

Para comprender el problema necesitamos información. Tenemos que tratar de relacionarlo con alguna otra cosa que ocurra al mismo tiempo, o un poquito antes, o bastante antes, y que sea posiblemente su causa.

Algunas puntas para investigar:

1) El problema ocurre con comandos de red? Revisa si tu DNS funciona bien. A veces hay comandos que insisten en hacer alguna resolución de nombres que cuesta un tiempo.

2) Tienes suficiente memoria? El problema ocurre cuando hay funcionando en el sistema muchas aplicaciones, o aplicaciones pesadas como OpenOffice, Eclipse, navegador con muchas pestañas abiertas... etc?? Ves actividad de disco mientras ocurren los atrancones? Podría ser que la falta de memoria obliga a abusar del swapping.

3) Podrías tener una consola siempre abierta con el comando "top" para ver si durante esos momentos críticos ves actividad de algún programa específico. Eso podría darnos más datos.

4) Alternativamente si prefieres puedes lanzar el Monitor de Sistema y ver si muestra algún cambio durante los atrancones. Puedes dejarlo en la pestaña que muestra actividad de CPU y memoria y vigilar cualquier cambio, luego razonaremos sobre ese cambio.

5) Podrías revisar la salud del disco, a ver si no ocurre algún error de entrada/salida que esté obligando a los drivers a reintentar una lectura o escritura. Corre en una consola el comando "smartctl -a /dev/sda" (o reemplazando sda con el indicativo que corresponda de tu disco) y mándanos el resultado.

6) Tienes activado el servicio yum-updatesd? Si es así desactívalo un tiempo para probar. Este servicio puede consumir mucha memoria sin que te des cuenta y obligar a hacer swap.