Saludos.

1)
Revisa la directiva "no cache" y combinala con una ACL que identifique el trafico FTP

2)
Hasta donde recuerdo squid es únicamente un proxy HTTP con soporte "limitado" para FTP. En otras palabras, hacer uploads FTP y administrar carpetas y archivos por FTP no es posible

Tienes entonces dos opciones:

a) permites conexion directa a los FTP que quieres administrar sin que pasen por squid y colocas en la lista de sitios que no pasan por el proxy del navegador el nombre y/o IP del sitio FTP

b) Implementas un proxy FTP como Frox o ftp.proxy (me da la impresión de que son la misma cosa) y usas un cliente FTP y no un navegador como explorer (ojo que un cliente FTP y un explorador son dos cosas distintas y funcionan muy distinto ante un proxy FTP)

Hasta la proxima.
Carlos.