Hola,
para resolver esta situación te aconsejo que modifiques un fichero que se encuentra en:
nano /etc/sysconfig/iptables
Si se modifica ese fichero (siguiendo sus reglas) al volver a iniciar/reiniciar el servicio/demonio de iptables se activarán los cambios, y esos cambios también estarán al reiniciar el sistema.
Recordad que también hay herraminestas gráficas para configurar el cortafuegos, system-config-securitylevel, tanto a nivel de consola como de escritorio.