Hola!
yo para backups de directorios y bases de datos en mysql uso las tareas metidas dentro de crontab ( crontab -e ), además son cifradas.
#### backups
# volcado de la base de datos
# MySQL se vuelca todos los días al directorio /home/pulsarbase/base
# hacer backup de una base de datos en mysql 56 23 * * * mysqldump --opt --password=contrasena --user=root nombre_base_datos > /directorio_que_quieras/nombre_base_datos.sql
# hacer backup de todas las bases de datos que hay en mysql 59 23 * * * mysqldump --opt --password=contrasena --user=root --all-databases > /directorio_que_quieras/bbdd_entera.sql
# copia de seguridad del directorio pulsarbase y html, la realiza todos los viernes a las 00 de la noche # está copia está cifrada, y la contraseña para poder descomprimir los datos está en el archivo cifrado.txt, así no se lee la clave aunque un usuario use el comando top mientras # lo meto dentro del crontab ( crontab -e ) 00 00 * * 5 tar cpf - /home/pulsarbase /var/www/html | gpg --passphrase-file /root/cifrado.txt --batch -c > /media/LinuxMobile/jueves_semanal.tar.gpg
Inconvenientes, no se hacen copias incrementales, al estar cifradas aumenta bastante el tiempo de trabajo, 50GB en un disco externo a 7500RPM son unas 3 horas.
Saludos!!!