Tengo una situación algo similar a lo que indica, en nuestro caso la solución que hemos utilizado es la siguiente:
- Habilitar en el W2K3 el servicio Terminal Server. Provisionalmente brinda acceso ilimitado durante n días (no recuerdo si 60 o 180) al servicio, luego de lo cual debera adquirir Licencias CAL (por usuario o por Servidor)
- En el W2K3 Instalar la aplicaciòn SeamlessRDP (de Cendio) para hacer que las sesiones ejecuten directamente la aplicación DOS
- En las pc con GNU/Linux instalar las aplicaciones rdesktop y TSClient. Con TSclient puede crear los enlaces simbolicos o Accesos Directos a la aplicación y con ayuda de SeamlessRDP
Esto lo que va hacer es levantar en los clientes GNU/Linux una sesión desde el Servidor W2k3 con la aplicación en DOS y ejecutarla sin problemas ya que en realidad estara consumiendo recursos y herramientas del Servidor. Debe tener presente por tanto la cantidad de memoria disponible del Servidor y cuantos clientes van a acceder, asi como lo que mencione anteriormente acerca de las Licencias CAL
Saludos