En teoría copie todo desde un Live-CD (se me olvido decirlo) a si que supongo que no debería haber diferencias entre el original y la copia (en cuanto a contenido),al no estar el sistema en uso.
No excluí directorios como /dev o /proc u otros directorios que se podrían excluir, y puede que a lo mejor fuera en parte el origen del "problema", no lo se.
Solo me extrañaban las diferencias entre la copia y el original y el posible hecho de que no se hubiera copiado algo necesario para el uso del sistema.
Realmente el usar xfs es debido a que lo recomiendan cuando usas discos duros de estado solido (SSD,solid state disk) y debido a su mayor rendimiento con ficheros grandes.