Como te ha comentado más de un listero, Nagios puede ser lo qu buscas. De todas maneras tampoco has precisado que tipo de procesos quieres monitorizar ni cómo no qué es lo que requieres. Lo que si tendrías que tener en cuenta es que top(1) accepta que lo utilices en scripting; concretamente la opción -b (batch mode). ya sabes: man top(1)