A ver, espacios entre los párrafos ayudaría a leer mejor y entender tu problema.
Cuando dices que al acceder por ssh tienen acceso a todos los directorios. ¿A que directorios te refieres?
¿Podrías explicar mejor tu ambiente?
De entrada, es normal que un usuario que accede por ssh pueda navegar por la jerarquía de directorios, siempre y cuando; los directorios tengan permisos que lo permitan. Una forma de evitar esto es encerrando al usuario de ssh con chroot.
En google hay varios tutoriales en español de como hacer esto en CentOS, en
alcancelibre.org hay uno.