Gracias Epe, sabes que estaba haciendo unas pruebas con una máquina virtual con Fedora 24 y tengo estas novedades
1.- Cuando copio las llaves via ssh hacia el directorio .ssh/ de la máquina virtual Fedora 24, y desde aquí me conecto a uno de mis servidores acepta las llaves y no pide contraseña
2.- Cuando copio las llaves a una carpeta de mi equipo (como respaldo) me conecto por ftp sftp o ssh, desde aquí copio hacia el directorio .ssh/ de la máquina virtual Fedora 24, y desde aquí me conecto a uno de mis servidores me pide contraseña.
En cualesquiera de los dos casos agregue el archivo config y su contenido de acuerdo a las indicaciones de Ernesto, voy a seguir investigando y googleando porque esto me tiene parado con la migración a Fedora 24 pero no quiero perder los accesos a los servidores via llaves, si alguien más de pronto quiere aportar con algo adicional gracias