Qual o arquivo que devo colocar comandos para inicializar junto
com o sistema? Em distros debian like uso o /etc/rc.local para 
comandos inicializarem como root.

Vc pode criar um script com os comandos desejados colocando-o em /etc/rc.d
em seguida vc determina em quais niveis ele deve ser executado com o comando
chkconfig

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