não tem um guia prático que diga onde cada uma deve ser utilizada, a melhor coisa a se fazer quando se já utiliza a versão 5.x em algum serviço, seria efetuar testes em outro equipamento o mesmo serviço, ver se não tem bugs na utilização da ferramenta em si.
mas se tu está começando, aconselho a utilizar a versão 5, existem muitos guias e dicas na web após ter algum conhecimento, tu podes partir pros tests utilizando a versão 6 =]