Rodrigo,
Já implementamos o banco do sistema HiDoctor (argh) em Linux, mas o desenvolvedor informou que somente em MySQl 4.1 (argh). Fizemos e funcionou bem, apesar do sistema ser muito amarrado e o suporte é avesso à customizações.
Os clientes são somente Windows e quanto a isto não há o que fazer contra.
A vantagem quanto aos outros softwares médicos é o preço, que realmente é algumas vezes menor que eles.
Mas com um CentOS rodando MySQL 4.1 + Samba + iptables + NAT, consegui atender um cliente por muito tempo com pouca incomodação. Acredito que pela pouca complexidade do ambiente, você consiga o mesmo índice de sucesso.
Abraço,