Hola a todos.
Instale el repositorio que me recomendó Alexander para instalar Gromacs y gromacs-openmpi y ahora tengo problemas con las librerías cuando Ejecuto el comando ---> # g_mdrun_openmpi
y me muestra el siguiente error:
g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries: libgmxpreprocess_openmpi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
Las librerías se encuentran en :
- usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi_d.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi_d.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi_d.so.6
Las busque en el sistema y estan todas instaladas.
Si alguna persona les paso lo mismo o algo parecido les voy agradecer por su respuestas.
Saludos a todos.
Luciano
El día 8 de mayo de 2012 22:50, Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com escribió:
Hola a todos.
Instale el repositorio que me recomendó Alexander para instalar Gromacs y gromacs-openmpi y ahora tengo problemas con las librerías cuando Ejecuto el comando ---> # g_mdrun_openmpi
y me muestra el siguiente error:
g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries: libgmxpreprocess_openmpi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
Las librerías se encuentran en :
- usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi_d.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi_d.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi_d.so.6
Las busque en el sistema y estan todas instaladas.
Si alguna persona les paso lo mismo o algo parecido les voy agradecer por su respuestas.
Por la WEB comentan algo sobre tu problema, en relacion a la variables de entorno LD_LIBRARY, espero te ayude.
http://blogs.uct.ac.za/blog/big-bytes/2011/04/22/getting-gromacs
Saludos a todos.
Luciano _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
Hola Roberto.
Gracias por tu respuesta ahora voy a leer que solución tengo sobre este problema.
Desde ya muchas gracias.
Saludos Luciano
El 9 de mayo de 2012 13:48, cheperobert jrobertoalas@gmail.com escribió:
El día 8 de mayo de 2012 22:50, Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com escribió:
Hola a todos.
Instale el repositorio que me recomendó Alexander para instalar Gromacs y gromacs-openmpi y ahora tengo problemas con las librerías cuando Ejecuto
el
comando ---> # g_mdrun_openmpi
y me muestra el siguiente error:
g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries: libgmxpreprocess_openmpi.so.6: cannot open shared object file: No such
file
or directory
Las librerías se encuentran en :
- usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi_d.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi_d.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi_d.so.6
Las busque en el sistema y estan todas instaladas.
Si alguna persona les paso lo mismo o algo parecido les voy agradecer por su respuestas.
Por la WEB comentan algo sobre tu problema, en relacion a la variables de entorno LD_LIBRARY, espero te ayude.
http://blogs.uct.ac.za/blog/big-bytes/2011/04/22/getting-gromacs
Saludos a todos.
Luciano _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
-- Saludos, cheperobert _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
El día 9 de mayo de 2012 19:39, Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com escribió:
Hola Roberto.
Gracias por tu respuesta ahora voy a leer que solución tengo sobre este problema.
Desde ya muchas gracias.
Saludos Luciano
Pues eso comentan que hay que exportar esa libreria, otro enlace que tambien te puede dar referencias. http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions/GPUs?highligh...
Espero ese sea el problema, saludos y nos comentas
El 9 de mayo de 2012 13:48, cheperobert jrobertoalas@gmail.com escribió:
El día 8 de mayo de 2012 22:50, Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com escribió:
Hola a todos.
Instale el repositorio que me recomendó Alexander para instalar Gromacs y gromacs-openmpi y ahora tengo problemas con las librerías cuando Ejecuto
el
comando ---> # g_mdrun_openmpi
y me muestra el siguiente error:
g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries: libgmxpreprocess_openmpi.so.6: cannot open shared object file: No such
file
or directory
Las librerías se encuentran en :
- usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi_d.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi_d.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi.so.6 - /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi_d.so.6
Las busque en el sistema y estan todas instaladas.
Si alguna persona les paso lo mismo o algo parecido les voy agradecer por su respuestas.
Por la WEB comentan algo sobre tu problema, en relacion a la variables de entorno LD_LIBRARY, espero te ayude.
http://blogs.uct.ac.za/blog/big-bytes/2011/04/22/getting-gromacs
Saludos a todos.
Luciano _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
-- Saludos, cheperobert _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
Hola a todos.
La solución a medias que encontre en las páginas que me pasaron fue la siguiente.
1) -Agregar en el " /etc/profile " la siguientes líneas
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib
export $LD_LIBRARY_PATH ------------------------------
2) - Luego, ejecuto nuevamente el comando " g_mdrun_openmpi " y muestra un mensaje diciendo que " No se puede encontrar la orden "
Me pregunto - Que hago ? - Busco la ruta donde se encuentra el comando y Agrego la siguiente líneas en el Archivo " /etc/profile " ...
export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin --- Este es el lugar donde se encuentra el comando " g_mdrun-openmpi "
3) - Siguiente paso es ejecutar el comando (de antemano actualizo el archivo /etc/profile de esta manera para no cerrar la sesion ---> #source /etc/profile ).
Muestra el mensaje anterior que no encuentra las librerías.
/usr/lib64/openmpi/bin/g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries: libgmxpreprocess_openmpi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
---------------------------------------
La verdad que me esta mareando, alguien me puede decir que solución puede tener todo esto porque no entiendo que sucede.
Desde ya agradezco a todos por la buena voluntad que le ponen al foro.
Saludos a todos.
El 9 de mayo de 2012 14:57, cheperobert jrobertoalas@gmail.com escribió:
El día 9 de mayo de 2012 19:39, Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com escribió:
Hola Roberto.
Gracias por tu respuesta ahora voy a leer que solución tengo sobre este problema.
Desde ya muchas gracias.
Saludos Luciano
Pues eso comentan que hay que exportar esa libreria, otro enlace que tambien te puede dar referencias.
http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions/GPUs?highligh...
Espero ese sea el problema, saludos y nos comentas
El 9 de mayo de 2012 13:48, cheperobert jrobertoalas@gmail.com
escribió:
El día 8 de mayo de 2012 22:50, Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com escribió:
Hola a todos.
Instale el repositorio que me recomendó Alexander para instalar
Gromacs y
gromacs-openmpi y ahora tengo problemas con las librerías cuando
Ejecuto
el
comando ---> # g_mdrun_openmpi
y me muestra el siguiente error:
g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries: libgmxpreprocess_openmpi.so.6: cannot open shared object file: No such
file
or directory
Las librerías se encuentran en :
- usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi_d.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi_d.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi.so.6
- /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi_d.so.6
Las busque en el sistema y estan todas instaladas.
Si alguna persona les paso lo mismo o algo parecido les voy agradecer
por
su respuestas.
Por la WEB comentan algo sobre tu problema, en relacion a la variables de entorno LD_LIBRARY, espero te ayude.
http://blogs.uct.ac.za/blog/big-bytes/2011/04/22/getting-gromacs
Saludos a todos.
Luciano _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
-- Saludos, cheperobert _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
-- Saludos, cheperobert _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
2012/5/16 Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com:
Hola a todos.
La solución a medias que encontre en las páginas que me pasaron fue la siguiente.
- -Agregar en el " /etc/profile " la siguientes líneas
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib
export $LD_LIBRARY_PATH
Debería ser export LD_LIBRARY_PATH
Hola Eduardo y a toda la comunidad.
Gracias por tu respuesta pero sigue el mismo mensaje.
[root@elrond ~]# g_mdrun_openmpi g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory [root@elrond ~]#
Busqué esa librería y se encuentra en la siguiente dirección.
[root@elrond ~]# find / -iname libmpi.so.0 /usr/lib64/compat-openmpi/lib/libmpi.so.0 [root@elrond ~]#
Si alguien tiene otra sugerencia se los voy agradecer.
Desde ya muchas gracias.
El 19 de mayo de 2012 20:56, Eduardo Grosclaude < eduardo.grosclaude@gmail.com> escribió:
2012/5/16 Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com:
Hola a todos.
La solución a medias que encontre en las páginas que me pasaron fue la siguiente.
- -Agregar en el " /etc/profile " la siguientes líneas
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib
export $LD_LIBRARY_PATH
Debería ser export LD_LIBRARY_PATH
-- Eduardo Grosclaude Universidad Nacional del Comahue Neuquen, Argentina _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
Otra cosa que hice fue configurar la rutas de la bibliotecas, me comento un amigo que podía ser el problema.
Crear un archivo openmpi.conf en el siguiente directorio.
vi /etc/ld.so.conf.d/openmpi.conf
y agregar en ese archivo la siguiente línea.
/usr/lib64/openmpi/lib Guardar y cerrar el archivo y luego ejecutar el siguiente comando.
#ldconfig
Después de todo esto volví a probar y no funcionó. (La reinicie completa pero sigue todo igual).
Saludos y desde ya muchas gracias por su aporte. Espero que esto también les pueda servir a otra persona a resolver otros problemas.
Luciano
El 22 de mayo de 2012 16:01, Luciano Andrés Chiarotto <lachiarotto@gmail.com
escribió:
Hola Eduardo y a toda la comunidad.
Gracias por tu respuesta pero sigue el mismo mensaje.
[root@elrond ~]# g_mdrun_openmpi g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory [root@elrond ~]#
Busqué esa librería y se encuentra en la siguiente dirección.
[root@elrond ~]# find / -iname libmpi.so.0 /usr/lib64/compat-openmpi/lib/libmpi.so.0 [root@elrond ~]#
Si alguien tiene otra sugerencia se los voy agradecer.
Desde ya muchas gracias.
El 19 de mayo de 2012 20:56, Eduardo Grosclaude < eduardo.grosclaude@gmail.com> escribió:
2012/5/16 Luciano Andrés Chiarotto lachiarotto@gmail.com:
Hola a todos.
La solución a medias que encontre en las páginas que me pasaron fue la siguiente.
- -Agregar en el " /etc/profile " la siguientes líneas
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib
export $LD_LIBRARY_PATH
Debería ser export LD_LIBRARY_PATH
-- Eduardo Grosclaude Universidad Nacional del Comahue Neuquen, Argentina _______________________________________________ CentOS-es mailing list CentOS-es@centos.org http://lists.centos.org/mailman/listinfo/centos-es
-
cheperobert -
Eduardo Grosclaude -
Luciano Andrés Chiarotto