O XenDesktop parece interessante, mas nos prende ao windows tbm..
Se a idéia é ficar totalmente "desprendido" você pode utilizar um hypervisior (aka vmware) e ter lá VMs independentes para seus usuários Windows/Linus/*nix... e ter somente na estação um cliente RDP. Naturalmente atento as questões de licenciamento de software quando utilizar de cópias de VMs para distribuir aos seus usuários.