[CentOS-es] Error al ejecutar el g_mdrun_openmpi

[Luciano Andrés Chiarotto]

Hola a todos.

La solución a medias que encontre en las páginas que me pasaron fue la
siguiente.

1) -Agregar en el " /etc/profile " la siguientes líneas

LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib

export $LD_LIBRARY_PATH
------------------------------

2) - Luego,  ejecuto nuevamente el comando " g_mdrun_openmpi " y muestra un
mensaje diciendo que " No se puede encontrar la orden "

Me pregunto - Que hago ? - Busco la ruta  donde se encuentra el comando y
Agrego la siguiente líneas en el Archivo " /etc/profile " ...

export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin
--- Este es el lugar donde se encuentra el comando " g_mdrun-openmpi "

3) - Siguiente paso es ejecutar el comando (de antemano actualizo el
archivo /etc/profile  de esta manera para no cerrar la sesion ---> #source
/etc/profile ).

Muestra el mensaje anterior que no encuentra las librerías.

/usr/lib64/openmpi/bin/g_mdrun_openmpi: error while loading shared
libraries: libgmxpreprocess_openmpi.so.6: cannot open shared object file:
No such file or directory

---------------------------------------

La verdad que me esta mareando, alguien me puede decir que solución puede
tener todo esto porque  no entiendo que sucede.

Desde ya agradezco a todos por la buena voluntad que le ponen al foro.

Saludos a todos.








El 9 de mayo de 2012 14:57, cheperobert <jrobertoalas en gmail.com> escribió:

> El día 9 de mayo de 2012 19:39, Luciano Andrés Chiarotto
> <lachiarotto en gmail.com> escribió:
> > Hola Roberto.
> >
> > Gracias por tu respuesta ahora voy a leer que solución tengo sobre este
> > problema.
> >
> > Desde ya muchas gracias.
> >
> > Saludos Luciano
>
> Pues eso comentan que hay que exportar esa libreria, otro enlace que
> tambien te puede dar referencias.
>
> http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions/GPUs?highlight=LD_LIBRARY
>
> Espero ese sea el problema, saludos y nos comentas
>
>
> >
> > El 9 de mayo de 2012 13:48, cheperobert <jrobertoalas en gmail.com>
> escribió:
> >
> >> El día 8 de mayo de 2012 22:50, Luciano Andrés Chiarotto
> >> <lachiarotto en gmail.com> escribió:
> >> > Hola a todos.
> >> >
> >> > Instale el repositorio que me recomendó Alexander para instalar
> Gromacs y
> >> > gromacs-openmpi y ahora tengo problemas con las librerías cuando
> Ejecuto
> >> el
> >> > comando --->  # g_mdrun_openmpi
> >> >
> >> > y me muestra el siguiente error:
> >> >
> >> > g_mdrun_openmpi: error while loading shared libraries:
> >> > libgmxpreprocess_openmpi.so.6: cannot open shared object file: No such
> >> file
> >> > or directory
> >> >
> >> > Las librerías se encuentran en :
> >> >
> >> >
> >> >   - usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi.so.6
> >> >   - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmx_openmpi_d.so.6
> >> >   - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi.so.6
> >> >   - /usr/lib64/openmpi/lib/libgmxpreprocess_openmpi_d.so.6
> >> >   - /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi.so.6
> >> >   - /usr/lib64/openmpi/lib/libmd_openmpi_d.so.6
> >> >
> >> > Las busque en el sistema y estan todas instaladas.
> >> >
> >> > Si alguna persona les paso lo mismo o algo parecido les voy agradecer
> por
> >> > su respuestas.
> >>
> >> Por la WEB comentan algo sobre tu problema, en relacion a la variables
> >> de entorno LD_LIBRARY, espero te ayude.
> >>
> >> http://blogs.uct.ac.za/blog/big-bytes/2011/04/22/getting-gromacs
> >> >
> >> >
> >> > Saludos a todos.
> >> >
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> >> > Luciano
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