Al final les cuento que hoy me decidi y descargue y compile el kernel 2.6.30.3 de kernel.org. Funciono perfecto y no tuve mayores problemas, salvo unos modules para el kernel de sunray, gracias a dios alguien los habia modificado para el kernel 2.6.29, y con esas modificaciones anduvo todo ok. Ahora el /proc/mtrr reporta los valores esperados y hasta es posible modificarlo normalmente, en el dmesg tira el mensaje de que mi BIOS setea la mascara en el mtrr de forma incorrecta y dice que lo corrige. Realmente no se a quien creerle, si al fabricante o a los desarrolladores del kernel. Igual por suerte pude sortear el obstáculo.

Has probado a arrancar con todas las sugerencias de parámetros relativos a acpi, etc?

No, no creo que tenga que ver con acpi, el problema es el mtrr

Has buscado si hay un reporte de tu problema registrado como bug del kernel (http://bugzilla.kernel.org/)? O en Red Hat (https://bugzilla.redhat.com/)%3E? Busca con algo como "mtrr freeze" o mencionando el modelo de motherboard.

No realmente no tuve mucho tiempo, necesitaba poner el server online lo antes posible

Has probado a reemplazar la memoria, intercambiar bancos de lugar, o reducir el tamaño de la memoria, y registrar si hay diferencias en el dmesg de los sucesivos arranques? Eso puede orientarte en la búsqueda del presunto bug.

Probe con todas las configuraciones posibles de memoria, y nada, el /proc/mtrr sigue mal

Si no lo hay y ninguna de las cosas que pruebes arregla tu problema, deberías pensar en registrar un bug.

Puede que el lunes lo reporte, pero me parece que es un problema ya conocido.

Has probado el kernel de centosplus?

Si tambien probe por las dudas

Saludos